El programa de certificación es manejado por una coalición de organizaciones no gubernamentales conocida como Red de Agricultura Sostenible-RAS, una coalición de nueve grupos no gubernamentales en Latino America, que incluye a SalvaNATURA en El Salvador. La Red busca integrar la productividad agrícola con la conservación de la biodiversidad y el desarrollo humano. Rainforest Alliance, una ONG Internacional, sirve como el secretariado de la RAS, y es responsable del entrenamiento de los miembros de la Red, del control de calidad, la administración de las certificaciones y el mercadeo del Programa en general. Esta red de ONGs especialistas en certificación, tiene varios objetivos, entre los cuales se destacan los siguientes: a) definir estándares para el manejo sostenible de la agricultura a través de un proceso que involucra a productores, científicos, agencias gubernamentales y a grupos ambientalistas; b) buscar incentivos económicos y de otro tipo para lograr la producción sostenible de los cultivos; c) realizar investigaciones en agro-ecología y en mejores prácticas de manejo de cultivos; d) premiar con un sello de aprobación (Rainforest Alliance Certified TM) a las fincas que cumplan con estos estándares; e) asistir a los productores a encontrar mercados para sus productos certificados y promover el concepto de certificación y agricultura sostenibles entre comerciantes, grupos conservacionistas, supermercados y también consumidores.

La RAS certifica fincas, plantaciones y cooperativas que producen banano, café, cacao, cítricos, flores, helechos, piña y otros cultivos. Es importante destacar que la Red otorga el sello verde a fincas, y no a compañías o productos. Un finquero puede aplicar para la certificación para toda su tierra en producción y una compañía también puede solicitar que sean certificadas todas sus fincas proveedoras. Por supuesto que la certificación es voluntaria y el proceso comienza con la aplicación del productor y la firma de un acuerdo de servicio. También se ofrecen certificaciones de la Cadena de Custodio, un servicio para compañías (beneficios de café por ejemplo), que quieren asegurar la trazabilidad de sus productos, o para garantizar que los bienes que llevan el sello verde, provienen efectivamente de fincas certificadas.